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Überwiegend werden die Dateien in der Dateiverwaltung per FTP hochgeladen bzw. gelöscht.

Beim Hochladen gibt es kein Problem. Ordner in der Dateiverwaltung anklicken und die Datei ist in der Datenbank.

Jetzt haben wir aber Dateien in der Datenbank registriert, die im Uploadbereich bereits gelöscht sind.

Kann man die Tabelle con_upl einfach leeren und dann durch anklicken der einzelnen Kategorien in der Dateiverwaltung wieder herstellen?

Ich denke ja. Aber du kannst die Tabelle exportieren, das machen, was du beschrieben hast, und gucken, ob's klappt. Wenn nicht, kannst du die Tabelle wieder importieren, aber eigentlich muesste es klappen.